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劳动合同丢了，发生劳动争议能申请劳动仲裁，可以通过以下凭证证明用人单位与劳动者存在事实劳动关系：1、考勤记录；2、用人单位向劳动者发放的能够证明身份的证件；3、工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录；4、劳动者填写的用人单位招用记录；5、其他劳动者的证言等。工资支付凭证或记录、缴纳各项社会保险费的记录、考勤记录和劳动者填写的用人单位招用记录由用人单位负举证责任，用人单位不能通过的，应当承担不利后果。

《关于确立劳动关系有关事项的通知》第二条用人单位未与劳动者签订劳动合同，认定双方存在劳动关系时可参照下列凭证：（一）工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；（二）用人单位向劳动者发放的工作证、服务证等能够证明身份的证件；（三）劳动者填写的用人单位招工招聘登记表、报名表等招用记录；（四）考勤记录；（五）其他劳动者的证言等。其中，（一）、（三）、（四）项的有关凭证由用人单位负举证责任。